L'histoire du diocèse est des plus mouvementés et des plus riches. Faisant partie du vicariat apostolique de Madagascar au XIXe siècle, il est érigé en préfecture apostolique des petites îles de Madagascar le 04 septembre 1848. En 1901, il repasse sous l'autorité du Vicariat Apostolique de Madagascar Nord puis en 1923 sous la juridiction du Vica­riat Apostolique de Mahajanga. Le 28 janvier 1932 la préfecture apostolique est reconstituée; le 14 juin 1938 le nom de la préfecture est changé et le siège est transféré à Ambanja. Le Premier prêtre malgache, le Père Basilide Rahidy et son neveu le père Venance Manifatra sont d'origine du diocèse. Tous deux sont des jésuites de la Compagnie de Jésus.

Evêque : Mgr Donatien Francis RANDRIAMALALA
Vicaires généraux : 

Père Maxime Léon RATEFIARIVONY, tél. : +261327436059/+261346683779, mail : ratefylonmax@gmail.com

Président de la Fraternité des prêtres diocésains :

Surface : 24.500 km²
Longueur : 224 km
Largeur : 224 km